2026 종부세 특례 신청기간｜공동명의 1주택자 달라진 점

안녕하세요. 장위동에서 아파트와 재개발 매물을 중개하고 있는 퀸즈부동산입니다.

요즘 현장에서 매매 상담을 하다 보면 취득세와 양도세뿐 아니라 올해 종합부동산세가 얼마나 나올지를 함께 물어보시는 분들이 많습니다. 특히 부부 공동명의 아파트를 보유한 분이나 이사 과정에서 일시적으로 2주택이 된 분이라면 이번 신청기간을 확인하셔야 합니다.

2026년 종합부동산세 합산배제 신고와 과세특례 신청은 9월 16일부터 9월 30일까지 진행됩니다. 국세청은 적용 가능성이 있는 납세자 약 4만8,000명에게 안내문을 발송했습니다.

2026 종부세 특례 핵심 일정

구분	내용
신고·신청 기간	2026년 9월 16일~9월 30일
주요 대상	임대주택·사원용주택 등의 합산배제, 일시적 2주택·상속주택·지방 저가주택 등의 과세특례, 부부 공동명의 1주택자 특례
신청 방법	홈택스 또는 관할 세무서 서면 신청
반영 시점	요건 충족 시 2026년 11월 종부세 정기고지에 반영
올해 주요 변화	공동명의 1주택자는 지분율과 관계없이 부부 합의로 납세의무자 선택 가능

국세청 안내문을 받았다고 해서 특례가 자동 적용되는 것은 아닙니다. 반대로 안내문을 받지 못했더라도 법에서 정한 요건을 충족한다면 신청 가능 여부를 확인해볼 필요가 있습니다.

합산배제와 과세특례는 무엇이 다를까요?

종부세 상담에서 가장 많이 혼동하는 부분입니다.

합산배제는 일정 요건을 갖춘 임대주택이나 사원용주택, 기숙사, 미분양주택, 멸실 예정 주택 등을 종부세 과세대상 합산에서 제외하는 제도입니다.

반면 과세특례는 일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택 등 일정한 주택을 보유한 경우 1세대 1주택자 판정이나 세율 적용에서 특례를 받을 수 있도록 하는 제도입니다.

이름은 비슷하지만 대상과 적용 방식이 다르기 때문에 자신이 어떤 신고 또는 신청을 해야 하는지부터 구분해야 합니다.

장위동에서 일시적 2주택자가 됐다면

제가 장위동에서 아파트 매매를 중개하다 보면 새 아파트를 먼저 매수하고 기존 주택을 아직 처분하지 못해 일시적 2주택이 되는 경우가 있습니다.

이 경우 일정 요건을 충족하면 종부세를 계산할 때 1세대 1주택자 과세특례를 신청할 수 있습니다. 상속으로 주택을 취득했거나 지방의 일정한 저가주택을 함께 보유한 경우도 특례 대상이 될 수 있습니다.

다만 주택을 두 채 보유하고 있다는 사실만으로 모두 적용되는 것은 아닙니다. 주택 취득 사유와 취득일, 공시가격, 소재지, 기존 주택 처분기한 등 각 특례의 세부요건을 따로 확인해야 합니다.

특히 매매계약일만 보고 판단해서는 안 됩니다. 종부세는 과세기준일인 6월 1일 현재의 소유 현황이 중요하므로 등기일과 잔금일 등 실제 취득 시점을 함께 살펴봐야 합니다.

공동명의 1주택자, 올해 달라진 내용

올해 가장 눈에 띄는 변화는 부부 공동명의 1주택자 특례의 납세의무자 선택 방식입니다.

기존에는 지분율과 지분율이 같은 경우의 선택 기준을 살펴야 했지만, 2026년부터는 주택 지분율과 관계없이 공동소유자인 부부가 합의해 둘 중 한 사람을 납세의무자로 정할 수 있도록 제도가 개선됐습니다.

부부 공동명의 1주택자 특례를 신청하면 선택한 한 사람을 해당 주택의 납세의무자로 보아 1세대 1주택자 방식으로 종부세를 계산합니다.

하지만 공동명의 특례가 모든 부부에게 유리한 것은 아닙니다. 공동명의 상태에서 각자 과세받는 방식과 한 사람을 납세의무자로 정해 1세대 1주택 특례를 적용받는 방식은 기본공제와 연령·보유기간 세액공제 적용 결과가 달라질 수 있습니다.

따라서 단순히 “공동명의 특례를 신청하면 세금이 줄어든다”고 판단하기보다 부부의 나이, 보유기간, 지분, 주택 공시가격을 반영한 예상세액을 비교한 뒤 선택하는 것이 안전합니다.

지난해 신청했다면 올해도 확인해야 합니다

기존에 합산배제 신고를 했고 소유권이나 임대등록 등 신고 내용에 변동이 없다면 다시 신고하지 않아도 되는 유형이 있습니다. 반면 부부 공동명의 1주택자 등 일부 과세특례는 적용 방식과 계속 신청 여부를 별도로 확인해야 합니다.

지난해 신청했다는 이유만으로 올해도 자동으로 동일하게 처리될 것이라고 생각하기보다 홈택스의 신청내역과 국세청 안내문을 확인하는 것이 좋습니다. 주택을 새로 취득하거나 처분했거나 지분·임대 상태가 달라졌다면 반드시 변경 내용을 점검해야 합니다.

신청 전 제가 고객에게 확인하도록 말씀드리는 내용

장위동 아파트나 재개발 주택을 보유한 고객에게는 다음 내용을 먼저 정리해 보시라고 안내드립니다.

2026년 6월 1일 현재 보유한 주택 수와 소유 지분
각 주택의 취득일과 취득 사유
주택별 공시가격과 소재지
기존 주택의 매도·잔금·등기 일정
상속주택 또는 지방 저가주택 해당 여부
부부 공동명의 주택의 보유기간과 연령
지난해 합산배제·과세특례 신청 여부와 올해 변동사항

이 자료를 준비해 홈택스에서 예상세액을 비교하거나 세무사에게 확인하면 상담이 훨씬 정확해집니다.

자주 묻는 질문

국세청 안내문을 받지 못하면 신청할 수 없나요?

안내문은 특례 적용 가능성이 있다고 예상되는 납세자에게 제공하는 안내입니다. 안내문을 받지 못했더라도 법정요건을 충족한다면 홈택스나 관할 세무서를 통해 신청 가능 여부를 확인할 수 있습니다.

공동명의 1주택 특례는 신청하면 무조건 유리한가요?

그렇지 않습니다. 공동명의로 각각 과세받는 방식과 특례를 적용하는 방식의 기본공제 및 세액공제 결과가 다르므로 예상세액을 비교해야 합니다.

일시적 2주택이면 자동으로 1주택 특례가 적용되나요?

자동 적용으로 단정하면 안 됩니다. 기존 주택 처분기한 등 요건을 확인하고 정해진 기간에 신청해야 합니다.

중개사무소에서 종부세를 확정해 줄 수 있나요?

저는 거래 과정에서 확인해야 할 과세기준일과 주택 취득·처분 일정을 안내해드릴 수 있지만, 최종 세액과 특례 적용 여부는 개별 상황에 따라 달라집니다. 홈택스 또는 세무사의 확인을 받으셔야 합니다.

퀸즈부동산 현장 정리

이번 종부세 신고·신청 기간은 9월 16일부터 30일까지입니다. 장위동에서 갈아타기를 하며 일시적 2주택이 된 분, 상속주택을 함께 보유한 분, 부부 공동명의 아파트 소유자라면 그냥 지나치지 마시고 적용 가능성을 확인해보시기 바랍니다.

제가 중개 현장에서 가장 중요하게 보는 것은 세액을 섣불리 단정하지 않는 것입니다. 계약일과 잔금일, 등기일에 따라 주택 보유 현황이 달라질 수 있고, 각 가정의 지분과 보유기간도 다르기 때문입니다.

퀸즈부동산에서는 장위동 매매계약과 관련된 일정과 물건 조건을 확인해드리고 있습니다. 구체적인 종부세 계산과 특례 적용 여부는 홈택스 모의계산 또는 세무전문가를 통해 최종 확인하시기 바랍니다.

※ 이 글은 2026년 9월 13일 확인한 제도 안내를 바탕으로 작성한 일반 정보입니다. 개별 납세자의 사실관계에 따라 적용 결과가 달라질 수 있으며 세무 신고를 대신하거나 세액을 확정하는 내용은 아닙니다.